''શ્રી'' પધ્ધતિમાં વારાફરતી ખેતર ભીનું અને સુકુ રાખવાનું હોવાથી તેમજ પહોળા અંતરે રોપણી કરવાને લીધે સામાન્ય રીતે નિંદણનો વધુ વિકાસ જોવા મળે છે. શ્રી  પધ્ધતિને સફળ કરવા માટે સમયસર અને અસરકારક નિંદણ નિયંત્રણ કરવું અતિ મહત્વનું છે.

• જમીનમાં હવાની સારી અવરજવર થાય તે માટે મીકેનીકલ (યાંત્રિક) નિંદણ નિયંત્રણ હાથ કરબડી તેમજ કોનો વીડરથી કરવી.
• રોપણીના ૧૦ દિવસ બાદ કોનોવીડર / રોટરી વીડરની મદદથી ૧૦ દિવસના અંતરે ઓછામાં ઓછા ૪ નિંદામણ કરવા.
• કોનોવીડરથી જમીનમાં ન દબાય તેવાં છોડની નજીકનાં નિંદણનું હાથથી નિંદામણ કરવું. કોનોવીડરથી નિંદામણ કરવામાં સરળતા રહે અને સરળતાથી કોનોવીડર ફેરવી શકાય તે માટે આગલા દિવસે હળવું પિયત આપવું.